Né au milieu du siècle dernier, le restaurant était à l'époque le repère d'Eluard et Aragon qui venaient se retrouver sur la place de la Baleine pour déjeuner.
Autrefois appelé "le café des primeurs" en référence au marché situé sur le quai de Saône, le restaurant sera repris après la guerre par la célèbre Tante Paulette. Puis successivement par les familles Bolomier, Monnet et Fournier qui lui donneront ses lettres de noblesse.
L'établissement tient son nom de la rue des Trois Maries baptisée ainsi au 17ème siècle en l'honneur des trois Saintes de l'Evangile : Marie-Salomé, Marie Jacobée, et Marie- Madeleine.